PerfectDisk's meest opvallende functie is om schijven te defragmenteren die draaien onder Windows. Hoewel veel gebruikers denken dat de ingebouwde Windows defragmentatie daadwerkelijk zorgt voor een gehele defragmentatie, zijn er veel software die speciaal zijn ontworpen voor dit werk - waaronder vooral PerfectDisk.
Dit programma verwijdert gefragmenteerde bestanden - een veelvoorkomende reden dat computers vertragen of niet meer alle systeemfuncties uit te voeren. Het kan prima defragmenteren met zijn geoptimaliseerde opslagcapaciteit en hogere snelheden. Zo kan de gebruiker automatisch aan het defragmenteren van schijven werken volgens zijn/haar schema, en nog belangrijker: deze tool heeft het unieke vermogen om zijn werk uit te voeren als de computer inactief is, waardoor de kans dat het verstoord wordt door onnodige systeemvertraging uitgesloten is.